Çilek hastalıkları kökte, meyvede ve yaprakta görülür . Kök hastalıkları topraktan bulaştığı için toprak fümigasyonu veya sterilizasyonu  şarttır.

Meyve çürüklüğüne karşı meyve tutumundan sonra birkaç defa sistemik mantari ilaçlar atılmalıdır. Meyve çürüklüğünün fazla görüldüğü yerlerde alçak ve yüksek tünellerin ,plastik ve cam seraların havalandırılmasına önem verilmelidir. Ayrıca yaz dikimlerinde bitkilerin sıra arası ve sıra üzeri mesafeleri geniş tutulmalıdır.

Çilek zararlıları olan kırmızı örümcek ,yaprak bitleri,dana burnu, kadı lokması ile mücadele yapılmalıdır.

Virüs ve nematod problemlerinden kurtulmanın en iyi yolu ise sağlıklı fide ile bahçe tesis edilmesidir.